舞台は“石器時代（ストーンエイジ）”と呼ばれる時代。
『ストーンエイジ2〜パルコレクション〜』の世界は、みんなが知っている石器時代のようで、ちょっとだけ違う不思議な世界。
人間たちは、古より“パル”と呼ばれていた人間たちに友好的な動物たちと共に、気ままな生活を送っていました。
そしてもうひとつ、同じ時代に生きていた生き物がいました。何か大きななぞをひめていた山よりも大きく、恐竜によく似た姿をした生き物「大恐竜」です。
しかし、大恐竜たちを見かけることが、だんだん少なくなっていたのです。
一方、人間や“パル”、そして人間に敵対する動物たちは、少なくなるどころか、だんだん多くなっていました。
それなのに、どうして大恐竜たちが少なくなっているのか。これには一体どんななぞが隠されているのだろうか。